最近在用precisionFDA的benchmarking-tools比对NIST的一个样本的标准vcf看我们的pipeline好坏。吐槽了github下载速度和clone速度都是相当的。。。终于下下来看需要8version的java，于是sudo yum install java，安装后java －version发现并没有覆盖原来版本。于是想当然找到了／usr/bin/下的java，修改了默认指向symbolic link，发现没用，于是有下文。
java下载安装去向
使用yum search 查找了java版本利用install java安装特定版本，不知装到哪里了，反正java -version一看没变还是原来版本。于是whereis发现几个java存在路径。最终发现本来的版本和新装版本都在/usr/java/下。
修改系统java默认版本
找到来源，于是各种修改symbolic link。出现一个问题：/usr/bin/中java版本就是指向下载的版本，怎么不行啊？在网上找了帖子两种方法：
- 同我一样修改symbolic link。
- 利用update-alternatives –config java选择需要版本，代码如下：
$sudo update-alternatives --config java
There are 2 programs which provide 'java'.
Selection Command
-----------------------------------------------
* 1 /usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.79-2.5.5.1.el7_1.x86_64/jre/bin/java
+ 2 /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.45-30.b13.el7_1.x86_64/jre/bin/java
Enter to keep the current selection[+], or type selection number: 2
这下总可以了吧，然而又发现不行。
设置配置信息
其实早该想到了是设置配置信息的问题，在此之前我以为在~/.profile或者~/.bash_profile之类的文件中修改，但里面没有设置javahome，我以为不是这个问题就作罢了。后来发现公用配置文件应该在/etc/profile中配置，修改Java home，在source一下。查看结果：
$java -version
java version "1.8.0_45"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_45-b14)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.45-b02, mixed mode)
。。。问题解决。
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